Les communautés microbiennes jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : elles sont à la base de la chaîne alimentaire (production primaire) et participent à la dégradation de la matière organique. Ces communautés sont de plus connues pour répondre rapidement à des changements environnementaux. Elles peuvent être utilisées comme indicateurs écologiques, à l'instar des macro-invertébrés. Les diatomées benthiques sont les organismes photosynthétiques majoritaires au sein de cette communauté biologique. L’abondance relative des différentes espèces permet de calculer un indice de qualité du milieu (IBD). Des fortes différences de communautés entre les zones amont et aval ont été constatés quand les barrages étant en place. Elles seront amenées à évoluer après l’effacement de ces barrages. Dans le cadre de l'Observatoire Sélune, les stations sont échantillonnées tous les mois d’Avril à Octobre (7 relevés annuels) à l'aide de substrats artificiels (lames de verre disposées dans l'eau). En plus du relevé des diatomées (liste floristique, calcul de l'IBD), la concentration en chlorophylle a est mesurée. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des biofilms photosynthétiques.

La restauration des continuités écologiques sur la Sélune suite à l’effacement du dernier barrage va provoquer des changements majeurs sur le cours d’eau et ses berges. L’ouverture du barrage de La-Roche-Qui-Boit va impliquer des changements sur la biodiversité du cours d’eau, notamment sur les communautés piscicoles avec le retour des poissons migrateurs. Les communautés piscicoles sont inventoriées par analyse d’ADN environnemental (ADNe) sur plusieurs dizaines de stations, réparties sur le cours principal et les affluents. Le marqueur génétique utilisé (ADN mitochondrial 12S) permet de détecter la présence des espèces de migrateurs (indice de présence/absence et taux de détectabilité) tout en analysant l’évolution des communautés de poissons dans leur ensemble au cours du processus de restauration. Cette couche donne la localisation des secteurs d'étude utilisés dans le suivi des communautés piscicoles par analyse d'ADN environnemental, réalisé dans le cadre de l'Observatoire Sélune depuis 2022.

En 2020 ont été mises en place des placettes scientifiques, matérialisées sur le terrain par des piquets colorés. Ces placettes ont pour objectif de faciliter le suivi scientifique, notamment de la renaturation. Ces placettes représentent des espaces privilégiés pour les scientifiques, où aucun remaniement de sédiments ou de la végétation n'est prévu jusqu'à la fin du programme Sélune.

L’effacement des barrages de la Sélune fait l’objet d’un programme scientifique initié en 2012 dans lequel des paramètres environnementaux sont suivis afin de fournir un réel retour d’expérience sur cette opération de restauration. En 2019 s’est mis en place un observatoire de données, chargé d’assurer la collecte et le traitement de ces paramètres (biotiques et abiotiques). Les données acquises à partir de 2012 et au moins jusqu’en 2027, seront centralisées grâce à un système d’information (SI), appelé SISelune. SISelune vise à aider les scientifiques associés au programme Sélune et à rendre les données accessibles à tous. Cette couche présente la zone d'étude, basée sur les sous-bassins versants hydrographiques pour la partie continentale, et la masse d'eau de transition pour la baie du Mont St-Michel.

L’effacement des barrages de la Sélune fait l’objet d’un programme scientifique initié en 2012 dans lequel des paramètres environnementaux sont suivis afin de fournir un réel retour d’expérience sur cette opération de restauration. En 2019 s’est mis en place un observatoire de données, chargé d’assurer la collecte et le traitement de ces paramètres (biotiques et abiotiques). Les données acquises à partir de 2012 et au moins jusqu’en 2027, seront centralisées grâce à un système d’information (SI), appelé SISelune. SISelune vise à aider les scientifiques associés au programme Sélune et à rendre les données accessibles à tous. Le programme scientifique Sélune s'est doté d'un référentiel, composé de points. Ces points sont utilisables par tous les acteurs du programme pour désigner plus facilement n'importe quel lieu au sein de la zone d'étude. Les points sont créés le long des cours d'eau, avec une approche "Point kilométrique" (tous les 100m, en allant de l'amont vers l'aval). Chacun de ces points dispose d'un code unique, correspondant à l'association du cours d'eau (désigné par un code court) et de la distance à la source ou la confluence.